Le 1er septembre 2020, RATP Dev prend officiellement les commandes du réseau de transport de l'agglomération malouine. Le changement est sans conséquence pour les clients, étant donné que les horaires sont identiques à ceux des hivers précédents. De même, les contrats des sous-traitants Keolis Armor et TIV sont prolongés jusqu'à la veille de la restructuration annoncée du réseau, le 5 janvier 2020. Seul le site internet du réseau est remplacé par une nouvelle plateforme portée par le groupe RATP Dev.
Deux HeuliezBus GX 327, qui circulaient précédemment sur le réseau Aléo de Moulins, sont mis en service afin de remplacer les deux derniers GX 217 encore en circulation. Durant leurs premiers mois sur le réseau, ces deux véhicules revêtent une vitrophanie spécifique faisant la promotion du nouveau réseau.
Ces premiers mois d'exploitation sont mis à profit par RATP Dev pour lancer un marché privé pour opérer la sous-traitance du réseau.
Le 6 janvier 2020, le réseau MAT est restructuré - le précédent réseau n'aura ainsi été exploité que durant cinq années et demi. Si le nouveau réseau présente une parenté avec le précédent, il prend en compte les demandes exprimées par l'autorité organisatrice durant la procédure d'appel d'offre.
Sur le réseau urbain, quelques adaptations d'itinéraire sont effectuées sur les lignes dans un esprit de simplification des itinéraires, plus directs, mais sans pour autant en changer l'armature du réseau de 2014 :
Sur le réseau périurbain, Saint-Malo Agglomération ayant acté l'échec des terminus en périphérie des lignes, les terminus malouins des différentes lignes sont tous rapatriés à la Gare de Saint-Malo. Les tracés intègrent également une desserte du nouveau centre aquatique Aquamalo :
En complément, le réseau scolaire est légèrement restructuré. Quelques lignes scolaires urbaines sont également réintroduites dans Saint-Malo même, afin de réduire les temps de parcours des collégiens et lycéens.
Les principales évolutions constatées sur le réseau concernent un renfort de l'offre sur les lignes structurantes (1, 2 et 3) tant en journée qu'en soirée, ainsi que la création d'une desserte le dimanche pour toutes les communes de l'agglomération vers Saint-Malo.
La restructuration du réseau est accompagnée de plusieurs changements au niveau de l'exploitation du réseau. L'intégralité des lignes périurbaines - à l'exception de la ligne 5 - retrouve une exploitation en autocar. Cela permet d'améliorer le niveau de confort des lignes concernées, l'ensemble des voyageurs étant désormais assis ; tout en réduisant les temps de parcours entre les communes et Saint-Malo, grâce à l'aptitude de ces véhicules à circuler jusqu'à 90 km/h. L'ensemble des autocars propriété de Saint-Malo Agglomération est par conséquent équipé d'un pupitre billettique. De plus, 20 Iveco Crossway, dont 15 neufs, sont mis en service sur les lignes scolaires. Tous sont mis aux couleurs du réseau MAT.
Les trois Citaro "périurbains" encore en service sur les lignes périurbaines sont réaffectés sur le réseau urbain, tout comme le Citaro n°91 (ex-119086) afin de couvrir les voitures supplémentaires requises par le nouveau réseau.
Par ailleurs, la sous-traitance du réseau est confiée à une entreprise originaire des Deux-Sèvres, Alliance Atlantique, qui y gagne son premier marché hors de ses implantations historiques. En conséquence, l'activité des dépôts malouins de Keolis Armor et de TIV s'en trouve fortement réduite, TIV allant même jusqu'à fermer son implantation historique de la rue Augustin Fresnel.
Le 16 mars, alors que la pandémie de Covid-19 prend de l'ampleur sur le territoire national, un confinement national est décrété à compter du lendemain, 12h. La population étant invitée à rester à son domicile durant toute cette période, le réseau MAT est forcé d'adapter son offre à plusieurs reprises au trafic rendu anecdotique.
La fermeture des établissements scolaires justifie la suspension de l'intégralité des services scolaires. Le vendredi 20 mars, RATP Dev active une première phase de réduction de l'offre, avec la division par deux des fréquences des lignes 1, 2 et 3. Un service de transport à la demande est mis en place pour les personnels soignants et leurs enfants. Afin de protéger les conducteurs continuant d'assurer le service, la montée par la porte avant est désormais interdite et la vente à bord suspendue.
Le 26 mars, une nouvelle réduction de l'offre est opérée. Les lignes 1 à 8 ne fonctionnent plus qu'à raison d'un bus par heure tandis que les lignes périurbaines fonctionnent sur réservation préalable. Le réseau fonctionne ainsi au ralenti jusqu'au 11 mai, où l'offre normale est rétablie sur l'ensemble des lignes à l'exception des lignes 1 à 3. Ces dernières adoptent ainsi une fréquence de deux bus par heure en heures creuses. Il faut cependant attendre le 17 juin pour que les bus de soirée soient rétablis.
La vente à bord reprend le 2 juin. Cependant, dans l'objectif de limiter les transactions, RATP Dev convainc Saint-Malo Agglomération d'instaurer une nouvelle tarification. Le billet unité acheté à bord passe ainsi à 2 euros, le billet journée à 5 euros. Au-delà de deux billets achetés, le tarif s'incrémente de 1 euro par billet supplémentaire : 3 billets coûtent 5 euros, 4 billets coûtent 6 euros... 10 billets achetés coûtant 12 euros, soit le prix d'un carnet acheté en dépositaire. Aucun rendu de monnaie n'est effectué par le personnel de conduite, le nombre de tickets délivrés dépendant donc de la somme présentée. Le ticket unité acheté aux distributeurs automatiques ou via l'application en ligne TixiPass, implémentée durant la pandémie, reste à 1,35 euros.
Afin de protéger les conducteurs des risques de contamination par aérosols, tous les postes de conduite sont équipés de bâches transparentes qui les isolent de la cabine dédié aux passagers, où le port du masque est obligatoire.
À l'été 2020, le réseau MAT parvient à déployer son offre nominale. La ligne 9 opère ses premiers tours de roue entre Intra-Muros et la Fresnais. L'offre de soirée est assurée normalement. Cependant, la pandémie de Covid-19 a engendré une diminution très importante de la fréquentation du réseau. Alors que le réseau enregistrait 12 000 voyages quotidiens en février 2020 - sa fréquentation plafonnera pendant plus d'un an entre 8 et 9 000 voyages.
Afin de redynamiser l'usage du réseau - tout en préparant la transition énergétique du parc - RATP Dev et Saint-Malo Agglomération expérimentent un bus électrique, de marque Bolloré, sur la ligne 1 durant tout le mois d'août 2020. Cependant, l'autonomie réduite des batteries ne permettent pas d'assurer un service matériel complet avec cet autobus. Il ne circule de fait que les après-midi, sur des horaires précis communiqués à la clientèle. Ces fortes contraintes d'exploitation disqualifient pour longtemps l'exploitation de bus électriques à charge lente - de nuit - sur le réseau MAT.
Les horaires de la rentrée 2020 entrent en vigueur le 30 août. Le seul changement notable sur les tableaux horaires se situe sur les grilles des lignes 1, 2 et 3. En prévision d'un nouvel épisode de confinement de la population, il est ainsi matérialisé les services qui ne seraient pas assurés en heures creuses sur ces lignes. Cependant, la rentrée est rapidement perturbée, avec une grève d'ampleur le 24 septembre 2020. Seule une poignée de services d'heures de pointe sont assurés ce jour-là. Les conducteurs du délégataire principal protestent alors contre la réorganisation des services effectuée dans le cadre de la lutte contre la pandémie. En effet, les pauses de milieu de service au kiosque de la Gare sont supprimées afin de limiter les croisements et les risques de propagation du virus.
L'intégralité de l'hiver 2020-2021 est marqué par les vagues successives de la pandémie auxquelles le réseau n'aura cesse de s'adapter. En fonction des restrictions gouvernementales, le réseau alterne durant tout l'hiver des phases de réduction de l'offre en journée (en semaine comme le week-end) avec des phases où la fin de service est plus ou moins anticipée.
Le 10 juin 2021, la levée des restrictions permet au réseau MAT de retrouver un fonctionnement normal. Le réseau en profite pour mettre en œuvre une refonte tarifaire que la pandémie avait reporté. Un nouvel abonnement dédié aux seniors est crée. Le prix de l'abonnement tout public est également réduit. Un nouveau forfait hebdomadaire, ciblant particulièrement les visiteurs de la cité corsaire, est crée tandis que les conducteurs peuvent à nouveau rendre la monnaie à compter du 1er juillet.
Cependant, le réseau fait face à une situation critique sur le plan des effectifs de conduite. La pandémie a en effet interrompu toutes les formations de conduite entraînant le tarissement du vivier des candidats au poste de conducteur-receveur. À compter de la mi-juillet 2021, le réseau MAT est forcé de supprimer chaque jour des services sur les lignes périurbaines, faute de conducteurs pour les assurer. Selon la direction de RATP Dev, ces suppressions représentent 2% des services programmés. Malgré la fin des services estivaux, le 18 septembre, la pénurie continuera de frapper le réseau qui connaît des perturbations tout l'automne. Les élus de Saint-Malo Agglomération reprochent alors à RATP Dev de ne pas tenir ses engagements et infligent une pénalité de 96 000 euros au délégataire.
Le 12 octobre 2021, une grande partie des effectifs de RATP Dev Saint-Malo Agglomération et d'Alliance Atlantique organisent une grève conjointe afin de protester contre leurs conditions de travail, que le manque d'effectif contribue à détériorer.
Dès novembre 2021, Alliance Atlantique informe RATP Dev de son souhait de se désengager du marché malouin. Trop éloigné de sa base historique, le transporteur se trouve en incapacité d'agir pour résoudre les tensions sur les effectifs de conduite. RATP Dev engage alors une nouvelle procédure de marché privé pour sélectionner un nouveau sous-traitant pour la partie périurbaine du réseau. Cette dernière ne permet cependant pas à Keolis Armor et à TIV de se réimplanter sur le marché. En effet, RATP Dev choisit de créer une nouvelle filiale dédiée à la sous-traitance du réseau périurbain, RD Breizh.
Le délégataire choisit également de s'appuyer sur l'implantation historique des voyages Bellier pour assurer les services. C'est ainsi que ce transporteur, qui n'avait encore jamais travaillé pour le réseau de transport de Saint-Malo Agglomération, se voit confier l'exploitation des lignes 10, 12 et 15.
RATP Dev met en œuvre un important plan de recrutement afin de pallier à la pénurie de conducteurs. Aux côtés des autres transporteurs du territoire, dont Keolis Armor, des formations sont cofinancées avec Pôle Emploi. Cependant, les tensions persistent sur les effectifs de conduite. En conséquence, RATP Dev prend la décision de réduire l'offre des lignes périurbaines pendant une grande partie du printemps. Les départs de 19h - qui sont les moins fréquentés mais aussi les plus difficiles à assurer du fait des heures de fin de service - sont remplacés par un système de navette déposant les clients à l'arrêt de leur choix.
Le 7 mars 2022, le nouveau directeur du réseau donne un interview à Ouest-France où s'il reconnaît les difficultés rencontrés par le réseau au cours des mois précédents ; rappelle que 98 % du réseau fonctionne normalement. Il déplore néanmoins qu'au niveau du matériel roulant « les investissements ont été inexistants, depuis 2014 ». Il est vrai qu'en dehors d'un minibus - peu utilisé - et de six autocars en 2016, Saint-Malo Agglomération n'a fait l'acquisition d'aucun matériel roulant depuis cette date. Seul un Mercedes Citaro hybrid est réceptionné en février 2022 ; alors que les besoins s'élèvent à une dizaine véhicules pour pouvoir remplacer les GX 317 et les Volvo arrivés en fin de vie. Le vieillissement des Volvo a d'ailleurs été l'une des causes du départ d'Alliance Atlantique.
Face à l'urgence du renouvellement du parc, Saint-Malo Agglomération accepte d'accélérer le rythme d'acquisition de véhicules neufs, et passe commande de 3 Iveco Urbanway Natural Power pour livraison de la fin de l'année 2022. Par ailleurs, RATP Dev prend l'initiative de mettre en service sur le réseau, début-mars 2022, deux Iveco Urbanway de 2019 sur la ligne 5. Cette arrivée permet de réduire l'utilisation des Volvo les plus fatigués.
Par ailleurs, le directeur du réseau fustige un manque de cohérence dans les politiques de transport de Saint-Malo Agglomération. Il déplore ainsi des voiries « souvent étroites » et l'abondance de parkings dans l'ensemble de la ville ce qui revient à « privilégier l’utilisation de la voiture » pour l'ensemble des déplacements quotidiens ; alors que « celui de Paul-Féval est largement sous-utilisé ». L'enjeu pour le nouveau directeur est ainsi de reconquérir les 2 200 voyageurs quotidiens perdus depuis le déclenchement de la pandémie, affirmant que RATP Dev dispose d'idées pour promouvoir l'utilisation des transports collectifs.
Pour l'été 2022, le réseau propose quelques changements qui visent à fiabiliser l'offre de transport. Ainsi, la ligne 9, gourmande en effectifs de conduite du fait de son fonctionnement quotidien de juin à septembre, est limitée à l'itinéraire Cancale - Saint-Malo avec un bus par heure (toutes les 45 minutes en été). En revanche, elle circule désormais tous les week-end de l'année, ainsi que pendant les vacances scolaires de Pâques, de la Toussaint et le week-end de l'Ascension.
En contrepartie, la ligne 15 circule désormais toute l'année : uniquement le mercredi, le samedi et le dimanche en hiver ; tous les jours en été. Afin de remplacer la section abandonnée par la ligne 9, son itinéraire est modifié avec une desserte des communes de la baie du Mont-Saint-Michel avant de se diriger vers Aquamalo. En revanche, le temps de parcours entre Cancale et Aquamalo est multiplié par deux, de 30 à 60 minutes.
Par ailleurs, afin d'améliorer la ponctualité des services des lignes 1, 2 et 3, les intervalles de passage sont détendus à un bus toutes les 16 minutes. La ligne 5 bénéficie également d'un renfort d'offre avec la création de 3 voyages supplémentaires en heures de pointe du soir. Enfin, l'exploitation sous la forme de navettes avec dépose à la demande est pérennisée sur les départs de 19h des lignes 10 à 14.